Nonostante la regione sia stata costituita nel 1963, risultando la più giovane tra le regioni italiane, è appurato come la storia molisana affondi le sue radici nell’era preistorica. Sul finire degli anni ’70, nella località La Pineta, situata nei pressi di Isernia, sono stati rinvenuti manufatti risalenti al Paleolitico datati a circa il 700.000 AC e appartenenti a cacciatori che transitarono in quel luogo.

Anche dall’epoca romana giungono testimonianze di grande interesse dalle civiltà allora presenti sul territorio molisano. Numerose tribù si costituirono nel territorio, allora parte dell’impero Sannita. Mentre la città di Roma accennava a costituirsi, in tale periodo erano già esistenti centri quali Vaenafrum,  Bovianum, Larinum e Aesernia.  Eredità di quel periodo, giunte ai giorni nostri, sono l’Altilia di Sepino e il Teatro-tempio di Pietrabbondante.

Nel corso del Medioevo il Molise crebbe in seno al ducato di Benevento. Se da un lato tale subordinazione non ha permesso alla regione di provvedere ad uno sviluppo autonomo, dall’altro gli ha permesso di erigere un gran numero di castelli, soprattutto nel periodo tra il XII ed il XVIII secolo. Molti di tali castelli sono giunti al presente e risultano ancora agibili nella gran parte dei casi.

I principali castelli del Molise sono:

• il Castello Monforte di Campobasso
• il Castello Pandone di Venafro
• il Castello Pignatelli di Monteroduni
• la civita di Bojano
• il Castello Sanfelice di Bagnoli del Trigno
• il Castello Caldora
• il Castello Svevo di Termoli

Durante la dominazione beneventana prosperarono i monasteri dedicati a seguire la regola benedettina. In particolar modo l’abbazia di Castel San Vincenzo, sorta nell’ VIII secolo e all’epoca una delle più importanti realtà monastiche d’Europa.

Con l’avvento del Regno delle due Sicilie, il Molise, passato nel corso del Rinascimento sotto l’egida di Foggia, riuscì nel XVIII secolo ad ottenere l’indipendenza da essa ed affermarsi come provincia del Regno, sino all’Unità d’Italia, avvenuta la quale il Molise fu inglobato alla regione Abruzzo.

Agli inizi del XX secolo il Molise registrò un drastico calo demografico, a causa dei molti giovani che partirono alla ricerca di un lavoro alla volta del continente americano, principalmente alla volta di Stati Uniti, Argentina, Canada e Brasile.

Nel corso delle ultime fasi della Seconda Guerra Mondiale il Molise ha pagato ingenti danni a causa della prossimità con la linea Gustav, teatro di scontri tra . Un esempio fu il bombardamento della città di Isernia, ad opera degli aerei degli Alleati, convinti di attaccare l’esercito tedesco che intanto aveva già effettuato la ritirata. Per tali vicende la città di Isernia fu insignita della Medaglia d’Oro al Valor Civile.

La ripresa negli anni ’60 risultò lenta a causa della forte migrazione verso le regioni settentrionali e paesi quali la Svizzera e la Germania, finché il Molise vide riconosciuta la propria identità nel 1963, anno in cui fu riconosciuta quale ventesima regione d’Italia. Nel 1970 il parlamento della Repubblica Italiana istituì la provincia di Isernia, il cui territorio, insieme al capoluogo Campobasso, compone la Regione Molise così come è giunta ai giorni nostri.